Natürlich kann kein Programm gänzlich unabhängig vom Betriebssystem sein, unter dem es läuft. Elexis ist aber für alle wichtigen Betriebssysteme erhältlich und funktioniert unter allen Betriebssystemen ungefähr gleich. Auch gemischte Umgebung mit verschiedenen Systemen, die alle mit denselben Daten arbeiten, sind ohne weiteres möglich.
Getestet wurde Elexis mit folgenden Systemen: